¿Diferencia entre software de control horario y uno de hojas de horas?

En esencia, no hay ninguna diferencia entre ambos.

El primero implica que el software controla el tiempo, mientras que el segundo implica la creación de hojas de horas, pero dado que casi todos los softwares de control horario generan datos de control horario en hojas de horas, y casi todos los softwares de hojas de horas obtienen sus datos del tiempo controlado, en la práctica no hay ninguna diferencia entre ambos.